Il patrimonio della Fondazione è costituito:

• dai conferimenti effettuati dal Fondatore "Democratici di Sinistra - Federazione di Bologna", beni mobili ed immobili, e dalle quote di partecipazione nella Società Immobiliare Porta Castello SpA.
• da elargizioni fatte da altri enti, pubblici o privati, o da donazioni o disposizioni testamentarie fatte da persone fisiche, con espressa destinazione ad incremento del patrimonio; 
• dai beni, mobili ed immobili, che sono pervenuti e/o perverranno a qualsiasi titolo alla Fondazione; 
• dalle somme delle rendite non utilizzate e dai proventi delle attività proprie che, con deliberazione del Consiglio di Amministrazione, possono essere destinate ad incrementare il patrimonio; 
• dai fondi di riserva costituiti con eventuali avanzi di gestione; 
• da contributi attribuiti al fondo di dotazione dallo Stato, da enti territoriali o da altri enti pubblici.

Fondazione Duemila ha concesso in locazione mediante sottoscrizione di una Convenzione per l'uso delle sedi di Circolo del Partito Democratico, ad Associazioni, a Circoli Arci e a privati ad uso commerciale. 
I proventi della gestione patrimoniale, oltre a coprire i costi ordinari e le imposte sulle rendite dei canoni riscossi, hanno consentito di rilevare un avanzo di gestione e quindi di contribuire alla realizzazione delle attività istituzionali intraprese.